Program kerja tahunan Yayasan Pesat Nabire merupakan program turunan dari program jangka Panjang dan jangka menengah Yayasan Pesat Nabire. Program Kerja Tahunan Yayasan Pesat Nabire terdiri dari 4 pendekatan terhadap 3 sektor program jangka Panjang dan jangka menengah yaitu :
1. Pendidikan berkualitas berkelanjutan.
Dalam rangka merealisasikan program Pendidikan Berkualitas dan Berkelanjutan, Yayasan Pesat Nabire mendirikan berbagai Pendidikan berkualitas yang terdiri dari 7 (Tujuh) PAUD, 1 (Satu) SD, 2 (Dua) SMP dan 2 (Dua) SMA, 1 (Satu) SMK baik di Kabupaten Nabire serta di Kabupaten Manokwari Selatan.
- Program Peningkatan Kualitas Guru
Salah satu program rutin tahunan dalam rangka memberikan layanan Pendidikan berkualitas dan berkelanjutan bagi anak-anak di Papua dan Papua Barat Yayasan Pesat Nabire melalui Departemen Pendidikan Yayasan Pesat Nabire membuat program Peningkatan Kualitas Guru.
- Program Peningkatan Kualitas Tenaga Pendidikan
Program ini merupakan salah satu upaya Yayasan Pesat Nabire melalui Departemen Pendidikan Yayasan Pesat Nabire dalam upaya meningkatkan kualitas layanan Pendidikan berkelanjutan. Tenaga Kependidikan merupakan penunjang layanan Pendidikan yang berkualitas oleh karena itu maka kualitas tenaga kependidikan yang bermutu akan sangat menunjang kualitas layanan Pendidikan.
- Peningkatan fasilitas dan sarana-prasarana Pendidikan
Layanan Pendidikan yang berkualitas menuntut tersedianya sarana dan prasarana Pendidikan yang memadai dan berkualitas. Untuk itu Yayasan Pesat Nabire berkomitmen untuk mengupayakan pengembangan dan peningkatan sarana dan prasarana Pendidikan di seluruh satuan Pendidikan yang berada di bawah pengelolaan Yayasan Pesat Nabire.
- Pengembangan Kurikulum Operasional yang berbasis nilai-nilai Kristiani, Yayasan Pesat Nabire memahami bahwa muti Pendidikan juga ditentukan oleh standard Kurikulum serta kurikulum operasional yang menjawab kebutuhan satuan Pendidikan dan kontekstual. Dalam Kaitan itu maka Yayasan Pesat Nabire melalui Departemen Pendidikan Yayasan Pesat Nabire berupaya untuk melakukan akselesari pengembangan Kurikulum Operasional yang sesuai dengan kebutuhan satuan Pendidikan serta kontekstual.
2. Perlindungan Anak.
Setiap anak berhak mendapat pengasuhan yang layak, dilindungi dari kekerasan, penganiayaan dan pengabaian sebagaimana tertuang dalam Program Teknis Perlindungan Anak Yayasan Pesat Nabire berbasiskan pada pasal 19 Konvensi Hak Anak (KHA). Secara umum, program ini bertujuan untuk mengurangi kerentanan anak dengan memperkuat Sistem Perlindungan Anak. Model Program Perlindungan Anak Yayasan Pesat Nabire meliputi Perlindungan Anak dan Advokasi (Child Protection and Advocacy).
Program Perlindungan Anak ini dituangkan dalam program tahunan sebagai berikut :
- Asrama
Dalam Upaya memberikan perlindungan anak untuk dapat hidup utuh sepenuhnya, Yayasan Pesat Nabire menyediakan Asrama bagi anak anak di Papua dan Papua Barat.
Yaitu Asrama Gilgal di Kabupaten Nabire yang diperuntukkan bagi anak anak usia PAUD sd SD dan Asrama Anugerah di Kabupaten Nabire yang diperuntukkan bagi anak anak usia SMA/SMK. Serta Asrama Bethesda di Manokwari Selatan.
- Advokasi
Dalam upaya memberikan perlindungan anak di Papua dan Papua Barat Yayasan Pesat Nabire menjalankan program tahunan Advokasi Perlindungan Anak yang melibatkan tokoh tokoh agama, tokoh adat dan pemangku kepentingan lainnya dalam upaya perlindungan dan memberikan hak-hak sipil anak.